Installée sur le bord de la voie romaine qui allait de Lillebonne (Juliobona) à Grainville-la-Teinturière, Santa-Margareta, autrefois simple hameau de Fauville, est attestée dès l’époque romaine. Sainte-Marguerite devient paroisse à part entière probablement vers le XIe siècle, période de construction de sa première église, comme semble l’indiquer les contreforts tuffeteux subsistant encore dans la nef après sa reconstruction au XVIIe et XVIIIe siècles.
L’église actuelle a été entièrement reconstruite en 1870 sur le même emplacement. On peut encore y voire de nombreuses inscriptions funéraires du XVIIe siècle concernant quelques membres de la famille Dubecquet de Longuemarre qui résidait au Manoir de Longuemare édifié au XVIe siècle. On peut sans doute aussi leur attribuer l’édification de la croix du cimetière datée de 1620.
